至于女娲族问题：
天地处于“混沌”状态，有“盘古”生于其间。
盘古身体不断成长，原来的混沌状态不能容纳其身体而分裂，“清气”上升为天，“三皇”，原来蕴藏在盘古身体内的“灵力”逸散，分解为水、火、雷、风、土“五灵”，散于天地之间。而盘古之心悬于天地之间成为连接天地的纽带，并与天界清气所种之地连接，因清浊交汇而生“神树”，成为天界生命之源。
因天地间生灵太少，三皇分别以不同形式创造生灵。
伏羲以神树吸收神界清气所结的果实为躯体，注入自己强大的精气，创造出“神”。由于神树果实来源稀少，因此神的数量极少，但灵力强大。神不耐大地浊气，因此居于天，形成神界。神虽然有男女之分，但交合繁衍后神本体会失去灵力逐渐死亡，并不能增加神的数量，因此被严禁交合繁衍。
神农以大地土石草木为体，灌注自身气力，创造出“兽”（包括走兽昆虫）。因神农注重数量和能力，因此兽的种类、数量很多，且能力多样，但是心智没有开蒙。
女娲以土、水混合，附以自身血液和灵力，用杨柳枝条点化，依自己模样塑造，创造出“人”。人体态优美，富有智慧，但体力较逊，虽然没有特别的能力，但领悟力极强。
神居于天，人兽居于地，另有鬼界作为人、兽等生灵的轮回中转之所。数万年来相安无事。后因人兽过度繁衍，时有冲突。
神农在人间暴毙，一说因尝百草中毒而死，另说是因为他与兽交合繁育后代而死，不久，兽类中出现了一个具有极高智慧的统御者——蚩尤，率领兽族向人类开战，意图独占大地。人类得神族援手，在一位出色的神将（轩辕氏）指挥下击败蚩尤大军。蚩尤拼尽余力，打开异世界的通道，将残部送达异世界，这些残部在异世界逐渐修炼成“魔”，魔界也逐渐形成。而蚩尤所打开的通道，后来称为“神魔之井”。是连通神魔两界的唯一通道，但神魔两方在里面设有重重障碍，并派重兵防守，严禁两界生灵通过。
此役之后，伏羲以对抗魔界为名，在神界建立了等级制度，并自封为“天帝”，规定神的地位高于人类，由神族统治大地，而人必须侍奉神，扩大神界对人间的控制和支配。数万年下来，神族渐渐腐败，人类也对神积怨已久，终于爆发起义。天帝下令镇压，遭到人类顽强抵抗。天帝恼怒，下令女娲毁灭人类，重新创造敬神的新人类，女娲抗命不从，并下凡来维护人类。天地废除女娲的神籍，派神将毁灭大地，大部分人类遭到屠杀，女娲率领人类对抗神界，补天地、阻洪水，挽救了残存人类的命运。天地省思后觉得神族也有不对之处，于是下令所有神族回到天界，封闭天界之门，下令神不得任意到人界，从此人神二界完全隔绝。不久女娲力竭死去，后代一直留在人间，世代守护人类。
兽类中偶有经过修炼，激发出自身继承的神农力量，成为有特殊能力的“妖”，而人类经过修炼也能激发出自身继承的女娲灵力，成为“仙”。妖和仙的形成除了和天赋以及修炼有关外，还和地气有关。人间便有了十大洞天，三十六小洞天，七十二福地等“仙界”，其中最著名的仙界，就是蜀山，因为那里是“盘古之心”所在之处。相对应的，虽然看起来妖都是单独行动，但人间一定也有妖界存在，只不过没有人知道在什么地方。
中国神话传说中的女娲
女娲是中国神话中最古老的始袓母神、大母神、化万物者和英雄人物。《说文》十二云：”女娲，古之神怪女，化万物者也。”女娲是化生人类的大母神，《大荒西经》所记，有神十人，是女娲之肠所化。郭璞注：”女娲，古神女而帝者，人面蛇身，一日中七十变，其腹化为此神。”
【女娲造人】
女娲毕生做了两件惊天动地的大事，一是造人，二是补天，为人类立了大功。
慎的《说文解字》，”娲，古之神怪女，化万物者也。” 这里的”化”字，自当作”化育”、”化生”解，那么女娲就是化育、化生万物的人，不仅仅是创造人类。不迥根据古书明确的记载女娲首要的工作，还是造人。
女娲造人有两种说法，一是女娲与诸神共同造人，另一是女娲单独造人。
《淮南子．说林篇》说： “黄帝生阴阳、上骈生耳目、桑林。生臂手，此女娲所以七十化也。”这里的”化”字，即 “孕育” 。这段神话的大意是说，女娲在与诸神合作共同创造人类、一天孕育多次的过程中，有来助其生阴阳性性器的，有来助其生耳目手足的…… 通过神话的折射，反映出原始母系氏族社会早期以女性为中心的非血缘群婚的景象。而女娲单独造人，是说”女娲抟黄土作人”。
【女娲补天】
补天的记录始见于《淮南子》。这段神话，是我国古代神话中最奇伟壮丽，最动人心魄的神话之一。它描写的是，在洪荒时代，当宇宙发生大变动，天崩地裂时候，大神女娲为了拯救人类出于水火，毅然运用她的神力，”炼五色石以补苍天，杀黑龙以济冀州，断鳌足以立四极，积芦灰以止淫水”。与自然灾害作斗争，辛辛苦苦，做了许多工作，终于将灾祸平息，使人类得到苏生。它突出写的虽然是神，实际上还是赞颂古代敢于和自然威力作斗争而压倒自然威力的劳动人民。
仙剑奇侠传之神话
天地开辟以后，
半蛇女神女娲创造人类；
每当妖魔肆虐，
莫不挺身拯救万民。
有一回，人不敬天招惹天怒；
天帝遣诸凶星、恶神下凡兹扰四方，
又令共工发天河之水淹灭神州。
四方诸神纷纷避走天界，
惟女娲独留人间，
力阻诸神魔贻害人间。
女娲身披红衣，手持蛇杖奔走四方，
杀共工止洪水，斩玄龟补天柱，
降青龙伏白虎，逐凶星除恶神，终而四方平复。
天帝恼怒，愤而断建木之丘，绝通天之梯；
从此，女娲及诸凶星，再也无法回到天界。
千百年后，四方神州的百姓，
未再遭受神魔们的迫害，
人们已经淡忘了这位女神的存在，
但是，这位半蛇女神的传说，
仍然在南方的苗族之中流传着。
『仙剑奇侠传』中的女娲
盘古开天辟地之后，人首蛇身、手持天蛇杖的女神娲皇捏土为人、炼石补天，时刻守护着她亲手创造出来人类。
太古时代，北方一蛮族和南方的苗族发生战争。起初蛮族被苗族打败，于是蛮族的法师作法请天神相助，天帝便派水、火、雷、风四神，和魔女旱魃下凡对付苗人。战争结束后，五神魔不愿回到天界，留在人间作乱。天雷地火烧光了地上的草木，干旱和饥荒饿死成群的牲畜，继而洪水淹没了整个大地，致使民不聊生，两族人民都失去了家园。此时女娲下凡，诛杀四神、封印旱魃，敉平了洪灾，使大地恢复生机。
然此事令天帝大为震怒，断绝女娲回天界之路，并将女娲逐出神籍。 从此，女娲留在了苗疆，成为苗族人民的守护神。然在中原大地上，人们已逐渐忘却这位女神。 女娲死后，葬在苗疆大理城外的试炼之窟最深处的陵墓之中。
女娲的后世子孙，被天界诬蔑为妖魔，被中原人民视为邪魔歪道。她们代代单传，秉承女娲遗志，世世代代继续守护着苗族人民、同时默默守护着天下苍生，一根天蛇杖，倾注了历代传人的无数灵力。她们拥有绝世美貌和至高无上的灵力，却背负着最终要为天下苍生牺牲的宿命。她们，被称作”女娲族”。
紫萱
姓名：紫萱
性别：女
年龄：200，外观25
婚姻：已婚
身高：1.65米
种族：女娲族
身份：女娲后裔
配偶：长卿（林业平）
女儿：林青儿
好友：景天、雪见、龙葵、婆婆
武器：杖、刀
武功：用蛊、水灵护体、治疗
特长：拥有人间至高灵力
最爱：长卿的生生世世
愿望：摆脱宿命，和爱人长相厮守
性格：温柔聪慧，善解人意，外和内刚
主演：仙剑奇侠传三
参演：仙剑奇侠传三外传–问情篇
女娲族后裔，饱受情爱煎熬之苦。与第一世恋人相遇时对方已经婚配，两人相爱而不能相守，郁郁而终；第二世虽结为连理，但紫萱不老不死，对方人生几十年匆匆而逝，也留下了遗憾。这一世紫萱暗暗布局，不仅要让恋人长生不老，还要令自己摆脱女娲族宿命……
紫萱，女娲后裔。为了摆脱女娲族的宿命，暗暗布局。答应丝缎帮助妖赤炎逃离锁妖塔，同时也安排自己和三世恋人长卿见面。长卿与妖赤炎争斗，无意中中毒，紫萱以水灵之身替长卿解毒。解毒之时，两人解衣相对。蜀山长老赶来，正好撞见，以为两人正行苟且之事。长卿致意要娶紫萱为妻，蜀山长老不允，将长卿逐出蜀山。
紫萱结识蓬莱长老，欲同长卿前去，让蓬莱长老向蜀山求情。路遇景天和雪见，出手相救，并与景天、雪见一同前往蓬莱。在镇江，长卿与人交谈得知蜀山有难，于是独自去蜀山，紫萱与景天、雪见一同前往蓬莱。三人抵达蓬莱，到蓬莱御剑堂大殿里，紫萱觉得清微居然不认识自己，有些奇怪，当众揭穿了假的清微（邪剑仙）。邪剑仙遂攻击紫萱，重楼来解围。重楼让紫萱注意自己，紫萱没有领情。
众人离开蓬莱，来到唐家堡。紫萱因为怕邪剑仙去蜀山招摇撞骗，先行告退，要先去蜀山。谁知，在上蜀山的途中被霹雳堂堂主捉拿，被”缚仙咒”困在霹雳堂。景天和雪见进入霹雳堂，解救了紫萱。紫萱告诉雪见和景天：在蓬莱看到的那个可以变化成蜀山派掌门样子的家伙，叫邪剑仙，不知他用什么摄心邪术迷惑了长卿，令长卿相信他就是清微掌门，现在长卿和他们同上蜀山，迷惑其他蜀山弟子，霹雳堂在外接应，准备将蜀山一网打尽。并催促他们赶紧上路。
来到安宁村，在万玉枝家里住宿。晚上，看见万玉枝正在对丈夫做法，与她争斗。万玉枝不敌，向东北方向跑入了古藤林。在古藤林西北遇到万玉枝，万玉枝道出是因为她丈夫中毒，欲用土灵珠解毒，但是，土灵珠刚刚被一个叫作”精精”的妖怪偷走了。进入古藤林东南，到了风清台，与古藤老人争斗。古藤老人猜测他们心里最重要的东西，指出紫萱心里最重要的东西乃是一个”年轻人”。古藤老人因为猜不出雪见心里所想，让他们通过。到达古藤林中，景天正要捡起土灵珠时，遇到罗如烈抢走珠子。这时，精精为偷回土灵珠而负重伤，临死前将李寒空的绝技飞龙探云手传授给了景天。回到了万家，紫萱用土灵珠治好了高咏，万玉枝以土隐和龙精石相赠。到了蜀山，紫萱察觉蜀山气氛和往日不同，决定先去无极阁看看。将事情的来龙去脉被弄清，知道需要寻找五灵珠来封印锁妖塔，邪剑仙看事不妙匆忙离开了。紫萱因为受伤而留在蜀山休息。
清微要景天从锁妖塔取出镇妖剑，长卿因为是蜀山弟子而不能进入锁妖塔，紫萱的伤已经痊愈，陪同景天、雪见、龙葵一同进入锁妖塔。在锁妖塔底层，天妖皇阻止他们离开，紫萱说塔底有个法阵作为出口，妖力是无法打开的，但是人力就可以。天妖皇恍然大悟，猜测赤炎就是紫萱救出的，紫萱表示也可以帮他逃离锁妖塔，天妖皇不领情。景天问紫萱赤炎是谁，紫萱让景天答应她，出去以后，千万什么都不要说。
从锁妖塔回到蜀山后山，走下高台发现一名蜀山弟子身受重伤，原来是邪剑仙已带领大批妖魔上了蜀山，众人赶去无极阁。雪见被邪剑仙杀死，镇妖剑被夺走。紫萱安慰景天，让景天不必太难过。长卿说要经过草海去蛮州寻找灵珠，于是，众人一同上路去草海。
到了蛮州，紫萱去女娲庙看望青儿。紫萱感觉要她牺牲的这一天已经很近了，并把林业平写给自己的诗稿，留给青儿做纪念。
回到蜀山，景天决定去鬼界找雪见。先到达了鬼城酆都，紫萱和麻婶聊天。景天过来，给她们看了买的”离魂汤”，麻婶指出这个”离魂汤”是假的，只是普通的凉茶而已。紫萱告诉景天，子时城门口会有通往鬼界的通道打开，到时候一起去鬼界。
紫萱到达鬼界与景天和龙葵失散。在路上，紫萱听说数十年来火鬼王管辖的地域越来越炎热，很多鬼已经受不了要迁徙了，怀疑火鬼王得了火灵珠。景天找到雪见后，又紫萱遇见，紫萱说出怀疑火鬼王有火灵珠。紫萱招出水灵护体，众人得以去找火鬼王。
找到火鬼王，拿到火灵珠后，众人回到蜀山。发现雪见尸体不见了，于是去冰风谷找邪剑仙要回雪见尸体。
到达冰风谷，景天御雪滑行，紫萱和众人失散，并且摔伤。景天找到龙葵和雪见后，看见紫萱，紫萱自己用仙术疗伤后，一同上路……
看见邪剑仙在为雪见的尸体作法，雪见进入身体后太高兴而笑出声来，重楼出现后解围。雪见说重楼好像喜欢紫萱，紫萱表示重楼的来历都不知道，是敌是友还很难说。罗如烈出现，打败他后，花楹将其推下山崖。众人决定回到蜀山找长卿。
回到无极阁找到长卿，长卿告诉景天到安溪去。来到海底城，雪见捉弄龙葵，紫萱认为这里看起来很奇怪，好像隐藏着什么危险，千万不可大意。在海底城遇见水碧和溪风，有巨灵神来捉拿水碧和溪风，紫萱指出他们都没有尽全力。
回到安溪后，众人一同去剑冢。到了铸剑厅了，见到邪剑仙正欲重铸镇妖剑，此时大家中了”蚀筋锁骨散”。景天中剑，邪剑仙离开后，紫萱治疗景天无效。雪见和龙葵都愿意牺牲自己来镀剑。
回到蜀山，在经楼和剑楼之间找到长卿，他说锁妖塔危急，催促速往增援。锁妖塔上，邪剑仙只被五灵阵法损毁他的剑，真身可是毫发未伤，景天四人当即展开攻势。锁妖塔崩溃，紫萱用自身灵力结合五灵珠封印锁妖塔而牺牲，始终没有摆脱女娲族的宿命……
林青儿
姓名：林青儿
性别：女
年龄：27岁
种族：女娲族
籍贯：大理
身份：女娲后裔，大理祭司，南绍王国巫后
婚姻：已婚
父亲：林业平
母亲：紫萱
配偶：巫王
女儿：赵灵儿
好友：灵月宫主，姥姥姜氏
武器：天蛇杖
武功：天蛇杖法，五神召唤术，梦蛇，元灵归心术，赎魂，夺魂，灵血咒
名言：”妖孽！你我原本都不该存在这世上，与我一同化为尘土吧！”
参演：仙剑奇侠传，新仙剑奇侠传
客串：仙剑奇侠传三，仙剑奇侠传三外传–问情篇
赤发蛇尾半人身，先祖曾是女娲神
开拓浑沌造万物，身处红尘护凡人
女娲后裔，神族，为爱愿以凡人之躯与巫王结连理，却遭阴谋者拜月教主陷害；貌似灵儿，成熟美妇，流露一股尊贵王后气势。
林青儿，女娲后裔紫萱与太守林业平之女。本为大理白苗族大祭司，任职时曾遇苗疆大旱灾，以水灵珠施法祭天祈雨，解除灾情。后结识南绍黑苗王子，相爱并结为连理，令数百年来水火不容、交战不断的黑苗、白苗两族化敌为友，举国欢腾。婚后，生下独女赵灵儿，并随着丈夫继承王位而成为南绍国巫后。青儿一向爱民如子、平易近人，因而深受族人爱戴。如此过了八年幸福美满的日子。
灵儿六岁那年，李逍遥之父母南盗侠李三思夫妇入苗疆盗走水灵珠，一向野心勃勃、对王位虎视眈眈的南绍大祭司–拜月教主趁机破坏女神娲皇的封印，召来太古水魔兽，致使整个苗疆被洪水淹没，嫁祸青儿，诬陷她为兴风作浪的亡国妖孽。青儿失去水灵珠，无法平息洪灾，难以辩白，巫王不再信任青儿，将她打入大牢，并没收了她的天蛇杖。拜月教主亦不肯放过灵儿，青儿急忙托好友姜氏带灵儿逃离皇宫、投奔仙灵岛水月宫灵月宫主，自己则留下欲以死证明清白。同时，拜月教主带重兵包围王宫，逼迫巫王下令处死青儿，幸而进入回魂仙梦、来自未来的逍遥及时开导青儿，并帮她取回天蛇杖、脱出牢笼，不料正撞上巫王和拜月教主。巫王对于青儿不是人的事实无法释怀，任凭拜月教主加害于她。青儿和逍遥欲从水路逃离，拜月教主从后追上，放出水魔兽对付二人。无奈水魔兽遇水则生，青儿为拯救苍生惟有与之同归于尽，临死前嘱托逍遥照顾灵儿。
水魔兽被石化封印，青儿也化为石像，随着洪水漂流回大理，被白苗人捞起。洪水终于退去，白苗人将石像当作女娲神像供奉于祭坛附近，并于此处建立女娲神殿。神殿守卫曾听到石像发出叹息之声，却不知青儿魂魄仍在其中，等待与灵儿重会。
十年后，李逍遥来到女娲神殿参拜神像，青儿显灵，确定他对灵儿的真心后，施展回魂仙梦之术将他送至十年前的南绍，亲历当年惨变，并帮灵儿寻回失落的水灵珠。数月后，灵儿产后康复，于战火包围之下终在神殿与青儿重逢。青儿将女娲族代代相传的天蛇杖、圣灵披风和圣灵珠传给灵儿，嘱咐灵儿用爱化解战争，至此终于得以安息。
赵灵儿
姓名：赵灵儿
性别：女
年龄：16岁
身高：162公分
体重：48公斤
种族：女娲族
籍贯：南绍
身份：女娲后裔，南绍王国公主、王位继承人，水月宫少宫主
婚姻：已婚
父亲：巫王
母亲：林青儿（巫后）
配偶：李逍遥
女儿：李忆如
师父：灵月宫主
喜好：沐浴
武器：双剑，法杖
武功：五灵法术，召唤术，水月宫剑法、仙术
性格：外表温柔聪慧、楚楚动人，内心坚毅刚强，独立，善解人意，处事果敢
名言：”上天既赐予我不同于凡人之力，就有我必须去做的事。我若死于此，不但有愧天地，更对不起千千万万崇拜我的苗民黔首！道归道、魔归魔、而我是我，神佛也不能决定我的命运！”
“该面对的，总是该去面对。”
领衔主演：仙剑奇侠传，新仙剑奇侠传，仙剑客栈
客串：仙剑奇侠传二
友情客串：大富翁七
仙灵岛上别洞天，池中孤莲伴月眠
一朝风雨落水面，愿君拾得惜相怜
自幼与世隔绝，宛如池中白莲的脱俗少女，跟随姥姥隐居仙灵岛修炼，躲避仇人的追杀。难以告人的秘密身世，让逃不过秘密的捉弄，注定在滚滚红尘中历尽千灾万劫。
赵灵儿，女神娲皇后裔。父巫王（姓名不详）为苗疆黑苗族之南绍王国国王，母巫后林青儿乃女娲后裔、本为大理白苗族大祭司。女娲族代代单传，故灵儿不但为南绍公主，且是唯一的王位继承人。
灵儿出生于南绍，六岁以前居于南绍王宫，随母亲修习女娲族的五灵法术。六岁那年，南绍大祭司、拜月教杨教主召唤太古魔兽–水魔兽，引来洪水，嫁祸失去五灵珠的青儿、诬陷其为祸国殃民的蛇妖女，逼巫王处死她。青儿终为封印水魔兽而化为石像。同时，青儿的好友姜氏（即姥姥）带着灵儿逃离南绍，来到余杭， 初遇九岁的李逍遥，并投入青儿生前好友、仙灵岛水月宫灵月宫主门下，修习水月宫各种仙术及剑法。 从此，余杭盛传仙灵岛上有一青衣仙女。
十年后，灵月宫主去世。一日，余杭盛渔村的孩童王小虎为救病入膏肓的老父，据当地传说寻至仙灵岛，向灵儿求得一颗仙丹。不久后，受王小虎和黑苗头领启发觅至仙灵岛的李逍遥无意中在灵池边撞见正在沐浴的灵儿，惊为天人。为求仙丹救婶婶，逍遥趁机偷走灵儿的衣裳加以要挟，不料反被灵儿以雷咒惩治一番。逍遥忙以三寸不烂之舌哄得灵儿心软，灵儿感怀身世、怜其孝心，私下将水月宫的紫金丹赠予李逍遥。逍遥逗得长年孤寂的灵儿心花怒放，灵儿芳心暗许，二人约定来日一起去城里逛庙会。逍遥正欲离开，却被姥姥撞了个正着。灵儿为救逍遥，不惜赔上自己的名节。姥姥无奈，迫逍遥娶灵儿为妻、永世留在仙灵岛。
新婚之夜，逍遥担忧婶婶病情，求灵儿帮他逃走。灵儿伤心欲绝之余，仍告知逍遥逃离的方法，逍遥连忙道谢。灵儿感伤二人缘分转瞬即逝、似水无痕，逍遥为灵儿眞情所动，许诺治好婶婶的病即正式上门提亲。灵儿破涕为笑，二人度过缠绵一夜……
次日清晨，灵儿与逍遥依依惜别，逍遥承诺会尽快回来，恋恋不舍的离开了。一回到李家客栈，逍遥之前受黑苗首领哄骗所服的忘忧散便即发作，失去关于灵儿及仙灵岛的所有记忆。当晚，潜伏在余杭的黑苗人见已利用逍遥破去仙灵岛上防御阵法，冲上仙灵岛，血洗水月宫，灵儿被擒，姥姥重伤垂危。
第二天，刚学得蜀山御剑术的逍遥回到客栈，见黑苗人行动可疑，通过秘道潜回房中，恰好救醒了昏迷的灵儿。二人重逢，逍遥却已不识灵儿，只余隐隐约约的感觉，灵儿却不知内情。二人打败两名黑苗喽啰，赶回仙灵岛，得见姥姥最后一面。姥姥临终前将灵儿托付予逍遥，嘱逍遥带灵儿回苗疆寻母。二人安葬水月宫众人，灵儿随逍遥回余杭。
客栈门口，二人见到小虎子和同村姑娘丁秀兰，得知黑苗头领正在客栈内等他们。二人同黑苗头领一番争执，逍遥始知灵儿南绍公主的身份。黑苗头领战败，欲挟持恰好买菜回来的李大娘，反被李大娘的穿云掌打死。夜里，灵儿从恶梦中惊醒，在房外哭泣，逍遥寻声而至。灵儿欲与逍遥同寝，却遭失忆的逍遥婉拒，伤心不已。大娘见状将灵儿带至房中，细问经由，方知二人婚事，大娘对灵儿极是喜爱，开心不已。次日，大娘决定让逍遥带灵儿回苗疆、并向灵儿的母亲秉明婚事。二人告别余杭乡亲，乘船前往苏州。
二人初至苏州，在城外撞见一富家千金林月如鞭打下人，路见不平，出手阻止。逍遥放走私逃的两名下人，将林月如缚在路旁树上，以做惩戒。进城前，在灵儿的苦劝下，逍遥终于回转放人，却见两名路过的强盗正欲趁人之危。二人击败强盗，放下林月如，谁知林月如羞愤难当，当场一剑刺中逍遥心脉。逍遥伤重危急，林月如见状忙弃剑离去。情急之下，灵儿冒生命危险以未练成的还魂咒救活逍遥，逍遥大受感动，承诺今后再不会让灵儿一个人孤苦伶仃。
二人在城内客栈赌坊救下富家公子刘晋元，逍遥与其结为兄弟，三人在客栈中相伴而饮。其间灵儿不胜酒力，先行睡去。次晨，逍遥送走刘晋元，带灵儿逛苏州城。刚出客栈大门，二人便遇一算命仙。算命仙指逍遥会走桃花运，赞灵儿”瑶光聚顶，灵气逼人。在朝必为帝后，在野亦为人杰”，但近日恐有劫难。逍遥大怒，拒不付钱，拉着灵儿走开。逛至一杂货摊前，逍遥见一支银钗和灵儿很是相配，执意买下送给灵儿，灵儿娇羞不已。二人途经林家堡，见一众人瞧热闹，得知林家大小姐正在比武招亲，也凑了上去。刚巧在人群中遇到刘晋元，知林家小姐是他表妹。林小姐无意中认出逍遥，逍遥也认出她是昨日的刁蛮千金。为了化解误会，逍遥答应上台比试，再次将林月如打败，结果竟误打误撞成了林家的乘龙快婿。林月如之父、南武林盟主林天南对逍遥大为赞许，逍遥一心只想带灵儿回苗疆，不愿入赘林家，故将婶婶搬出来做挡箭牌以拖延时日。灵儿见逍遥未将自己当作妻子，又不坚决拒绝林家婚事，唯有黯然神伤。
逍遥刚踏入东厢房，转身便往西厢房找灵儿。灵儿脸色苍白、满怀心事、欲言又止，逍遥大为关切，嘱她早点休息，明日再带她逛苏州城。逍遥找到林月如欲说清比武招亲之事，无奈林月如已认定这门亲事。正当林天南请相士为李、林二人合八字时，灵儿因日间受了刺激、现下又自惭非人类之身份、且有了身孕，现出人首蛇身之原形，被林家丫环冬梅瞧见、误以为蛇妖，林家堡顿时乱作一团。逍遥忧心灵儿，不顾一切闯入房中，林月如尾随其后。逍遥不知眼前的半人蛇便是灵儿，举剑相向。灵儿凝望二人半晌，撞破墙壁逃开，奔至白河村外的树林，不支昏倒。
同时，林家人说灵儿是蛇妖，逍遥大怒，以为灵儿被蛇妖抓去，独自追出。林月如不顾林天南反对，追随而去。二人追至隐龙窟，洞中的蛇妖男和狐妖女矢口否认抓过灵儿，逍遥失去理智，不分青红皂白，和月如连手杀死二妖，顺便救出被困于洞中的一众女子。
次晨，白河村韩医仙之女韩梦慈外出采药，发现昏迷在路边的灵儿，将她带回医馆。韩医仙发现灵儿怀了身孕，灵儿醒后，对韩医仙大致诉说了自己的遭遇。不久，逍遥和月如来到医馆，欲请身为村长的韩医仙放行、以便继续找寻灵儿，却发现假装昏迷在床、不愿见他们的灵儿。韩医仙依灵儿之意瞒住怀孕一事，托逍遥收集药材给灵儿”补身子”（其实是安胎）。待二人离开屋子，韩医仙劝灵儿告诉逍遥真相，灵儿心意难决。
逍遥和月如收集药材归来，将煎好的六神汤喂灵儿服下，灵儿不得不起身见二人。恰逢附近闹僵尸，处处是受伤村民，灵儿欲留下以仙术帮忙救治病人、藉以离开逍遥，逍遥不允，认为应除掉元凶。三人受韩医仙父女指示，前往对岸的玉佛寺求方丈智修大师下山收服尸妖，却发现智修迫人出家的秘密。三人击败智修，方知一切都是玉佛珠化身的小和尚智泽变出来的。智泽经灵儿点化，方悟到过去所为的荒唐，愿此后以原形追随灵儿。灵儿为其取名小石头，并配戴上玉佛珠，三人动身往黑水镇将军冢除灭元凶赤鬼王。
玉佛珠驱散了墓穴口的阴气，三人深入将军冢底层，打败僵尸王，继而落入血池。血池尽头，元凶赤鬼王亦被消灭，三人意外得到失落多年的土灵珠，灵儿大惊，心知已到了自己肩负女娲族使命的时刻了。
三人回白河村报喜，却得知韩梦慈被黑苗人抓走，藉以要挟灵儿往鬼阴山赴会。鬼阴坛内，南绍忠臣石长老出现，温言劝灵儿随他回南绍见巫王最后一面、并继承南绍王位，但灵儿心伤水月宫遭灭门之事，母亲又生死未卜，执意不肯。石长老无奈动武，三人不敌，先后被打晕。不一会儿，灵儿苏醒，见逍遥和月如已被囚于笼中、昏迷不醒。为保二人性命，灵儿唯有随石长老回南绍。
逍遥被赶来的韩医仙救醒，得知灵儿此举，发誓定要将她找回，随即与月如动身继续追寻。
石长老和灵儿一行途径长安郊外山脚的一间野店。恰巧逍遥和月如亦由扬州追至此处，被大理将军盖罗娇设计迷晕，欲诱灵儿随其去大理、以挟持巫王。双方为争夺灵儿大肆拼杀，南绍士兵不敌，只剩石长老苦战。最终，石长老使出赤血毒焰引爆自身，重伤白苗众人。蜀山仙剑派掌门独孤剑圣路过此处，见满地鲜血尸体，误将灵儿当作行凶的妖孽，飞剑伤灵儿，将她抓回蜀山，投入五百年来专门禁锢穷凶极恶之妖魔的锁妖塔。负责护塔的镇狱明王发现灵儿体内潜藏的无穷力量，大为吃惊，又见她不畏化妖池水，于是将灵儿以巨链捆锁于塔底最大的剑柱之上。体弱的灵儿不堪折磨，失去人形，但仍凝聚全身真气护住腹中胎儿。当她近乎绝望之际，一路寻至蜀山派的逍遥得知灵儿被囚塔中，不顾众人的反对和劝阻，执意犯险入塔救灵儿。月如见其意不可回，唯有追随。
锁妖塔底，逍遥终于再见到灵儿，但印入眼帘的竟是人首蛇身的”蛇妖女”，无法接受这个事实。大受打击之际，忘忧散失效，逍遥立刻记起和灵儿在仙灵岛上共缔鸳盟的点点滴滴，痛悔自己伤灵儿太深，再不介意人”妖”之别，纵身斩断锁链，救下灵儿，月如也与灵儿尽释前嫌、愿为姐妹。面对镇狱明王的逼迫和污蔑，灵儿说出女娲后裔真正身份，体内潜藏的力量觉醒，三人连手击败镇狱明王。众妖见状，皆以灵儿马首是瞻，共商出塔之法。在灵儿的调解之下，三人得书中仙指示，打断化妖池底支撑锁妖塔的七根七星盘龙柱，锁妖塔崩，众妖得以脱身。然其间月如却被崩落的巨石砸死……
塔崩之际，剑圣回心转意，危急中救出三人，送往苗疆灵山圣姑处治伤。灵儿身受重创，难以复原，昏迷不醒；逍遥也受了重伤。三日过去，逍遥苏醒，得知灵儿怀孕之事和月如之死讯，心伤之后，立刻动身为灵儿找寻仙药金翅凤凰蛋壳和火眼麒麟角，其间结识白苗组长南蛮王之女阿奴。逍遥和阿奴得麒麟老人指示，前往大理女娲神庙，逍遥被青儿的幽魂招入神像，向青儿表白了对灵儿的眞情。青儿欣慰，施展回魂仙梦将逍遥送回十年前，助小灵儿脱险，帮青儿脱困，见证了当年灵儿所不知的一系列变故，并寻回早年被父母李三思夫妇偷去的水灵珠。回到现实，已是一个月之后。逍遥心忧灵儿，忙和阿奴赶回圣姑家中。
几个月后，灵儿生下一女婴，逍遥欣喜不已。灵儿为纪念月如，给女儿取名”李忆如”。逍遥为答谢圣姑挽救灵儿母女的性命，答应替圣姑去试炼之窟收集三十六只傀儡虫。经过几日修养，灵儿拜别圣姑，携逍遥、阿奴欲往女娲神殿祭拜母亲亡灵、同时化解南绍、大理长年的战争。来到大理城外，两军已激战多时，大理呈败势，南蛮王、盖罗娇等人和妇女儿童都已退入神庙。三人一路杀入神庙，灵儿终于在神像前见到青儿亡魂。青儿祝福灵儿与逍遥，并嘱灵儿定要化解两族仇恨，随即含笑而逝，留下女娲族圣物天蛇杖、圣灵披风和圣灵珠。灵儿接过母亲遗物，踏上神庙祭坛，以五灵珠祭天祈雨。顷刻之间，天降甘霖，大地回春，两族不必再争夺水源，战争顿化流水。
南蛮王感激万分，邀灵儿留下继承青儿的祭司之位，灵儿答应考虑。然拜月教主仍不死心，派地魔兽搅乱大理庆功宴。灵儿、逍遥、阿奴铲除地魔兽，乘胜追击，跳入无底深渊，一路杀敌无数，最后竟来到南绍王宫地下宫殿。王宫大殿，灵儿与分散十年的父亲巫王重逢。巫王忏悔过往对青儿和灵儿的所作所为，自知时日无多，望灵儿答应继承王位、挽救南绍。拜月教主突然率侍卫出现，反对灵儿继位，双方争执间，巫王突然举刀刺穿灵儿后心，灵儿失血过多，当场昏迷，逍遥又惊又痛、不知所措。二人消灭假扮巫王的树妖，阿奴立即施赎魂咒急救灵儿，但灵儿始终没有心跳。逍遥怒不可遏，冲出大殿欲杀拜月教主为灵儿报仇，阿奴也随即赶到。拜月教主向二人诉说自己的野心，欲用二人的鲜血令水魔兽复活。危急时刻灵儿突然无恙出现，三人合力打败拜月教主。拜月教主不甘失败，跳下殿内水塘，以肉身啖魔，水魔兽终于复活，穿破王宫。
天地间顿时掀起滔天巨浪，南绍顷刻被洪水吞噬。逍遥从水魔兽手中救下阿奴，却对水魔兽无可奈何，唯有潜入水中再度搭救被洪水冲走的阿奴。与此同时，灵儿飞上半空，拦住水魔兽去路，凝聚全身功力，毅然向水魔兽冲去……霎时间，一团白光照亮天地，灵儿与水魔兽同归于尽。天空放晴，逍遥孤单的背影，呆望着天蛇杖自空中缓缓落下……
逍遥告别阿奴，抱着忆如回到余杭。为令忆如摆脱女娲族宿命，李家悄然离开余杭，定居仙灵岛。逍遥带着天?
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